בית מוריה שותף בהפעלתם של שלושה בתי ספר בבאר שבע – מוריה, יוסף קארו ונאות אברהם. כחלק משיתוף פעולה זה, העמותה פועלת יחד עם הנהלת בתי הספר, משרד החינוך ועיריית באר שבע לקידום הצרכים החינוכיים והפיזיים של מוסדות אלו, תוך חיזוק הזהות היהודית והערכים הקהילתיים.

בתי הספר משתייכים לחינוך הממלכתי-דתי, ולומדים בהם למעלה מ-1,200 תלמידים, המייצגים את המגוון האנושי הייחודי של באר שבע. הלימודים מתקיימים בהפרדה מגדרית החל מכיתה א', וצוותי ההוראה משלבים בתוכם בוגרי בית המדרש של בית מוריה, אשר מביאים עמם רוח של שליחות חינוכית ומנהיגות קהילתית.

חינוך שמלווה את כל המשפחה
בית מוריה רואה בבתי הספר מוקד קהילתי חינוכי, המחבר את ההורים והמשפחות לעשייה החינוכית. פעילויות חווייתיות, הרצאות וימי עיון מעודדים חינוך משפחתי שלם, המחזק את הקשר בין ההורים לילדים ותורם להצלחתם הלימודית והחברתית.