ישיבת "בית מוריה" הוקמה מתוך רצון להעצים את הלב והרוח של מפעל התורה, בעיר האבות באר שבע.
בבית המדרש לומדים כ35 בחורים ואברכים.
בישיבת "בית מוריה" ישנו כולל אברכים שנוסד עם הקמת גרעין בית מוריה, ורבים מבוגריו משמשים כרבני קהילות, וכאנשי חינוך מרכזיים בבאר שבע ומחוצה לה.
ישיבת "בית מוריה" מהווה את הרוח הפנימית של הגרעין התורני "בית מוריה" הפועל בבאר שבע כ17 שנה. הגרעין התורני פועל ברחבי העיר במגוון תחומים:
רשת מוסדות חינוך (פעוטונים, גנים ובתי"ס), מתנסי"ם, בתים חמים, גמ"ח, מדרשה ליהדות וכו'. ישיבת "בית מוריה" שמה לה להעמיד תלמידי חכמים אנשי אמונה,
הספוגים בתורה ויראת שמים מתוך חיבור אמיתי לעם ישראל. בישיבה עוסקים בלימוד גמרא בעיון ובקיאות, ע"י הכוונה אישית, ובלימודי האמונה ברוח התורה הגואלת,
ובהבנת דברת הקץ המגולה. הלימוד בישיבה הינו בשמחה ובאוירה חמה ומשפחתית, ובדגש על הקשר האישי לראש הישיבה והרמי"ם,
כאשר כל תלמיד נבנה ומתקדם בקצב האישי שלו,
כמו כן כל התלמידים זוכים ללמוד עם חברותא בוגרת מאברכי בית המדרש. כמו כן, בבית המדרש ישנן שתי מסגרות של אברכיםהלומדים בתוכנית רבנות ודיינות, וב"ה רואים ברכה גדולה בלימודם. בראשות ישיבת "בית מוריה" עומד הרב שמעון כהן שליט"א,
(שהינו ראש הגרעין התורני מראשית דרכו, ורב שכונה בבאר שבע).
הרב מלוה באופן אישי את תלמידי הישיבה, ולצידו עומדים רמי"ם נוספים.