בית מוריה שותפה עם עיריית באר שבע ומשרד החינוך בהפעלתם של 17 גני ילדים בבאר שבע. בגנים אלה, הפועלים במסגרת החינוך הממלכתי-דתי, מושם דגש על תגבור תורני ועל העשרה לימודית.
התגבור התורני ניתן על ידי רב הגן, הפוגש את הילדים מדי יום ומביא אליהם בנגינה, במשחק ובסיפור עולם עשיר של מסורת יהודית.
המחשה המרתק של ילדים השותים בצמא את דברי הרב הוא חוויה מיוחדת וטעמה נשאר עם הילדים לאורך שנים רבות.
בכל הגנים פועל הארכת יום ילדים עד השעה 16:00, הכוללת ארוחת צהריים חמה וארוחת 16:00. מלבד הפעילות של הצוות החינוכי הקבוע של הגן, ניתנת בצהרונים העשרה לימודית, הכוללת חוגים שונים ומגוונים הכוללים פעילות לפיתוח החשיבה ולפיתוח המוטוריקה והתנועה.
התוכנית החינוכית בגנים מפוקחת על ידי משרד החינוך והפעילות אחר הצהריים פועלת בתיאום מלא עם המחלקה לחינוך קדם יסודי בעיריית באר שבע.
בכל הגנים פועל יום לימודים ארוך. הגנים פועלים גם בימי שביתות ובהלך החופשות, בדומה ללוח החופשות של משרד התמ"ת, המתפרסם בתחילת השנה.