בית המדרש הקהילתי הוא גולת הכותרת בפעילותה של בית מוריה והוא בית היוצר של אנשי החינוך ומנהיגי הקהילות המשולבים בפעילותה הנרחבת של בית מוריה בבאר שבע.
בית המדרש מחנך לעשייה חברתית המושתתת על ערכי היהדות ורואה חשיבות עליונה בפיתוח מנהיגים חברתיים יראי שמיים, אשר תורתם אומנותם ואשר בונים את עולמם דרך לימוד התורה. בבית המדרש לומדים עשרות בוגרי צבא וישיבות הסדר, המשלבים לימוד תורה, עשייה חברתית ואחריות ציבורית.
צוות ההוראה הרב שמעון כהן
הרב שמואל דביר
הרב אברהם ואזאנה
הרב רון נעים
הרב שי אלדד
הרב שילה ריקלין